Pour donner plus de lumière à l'église, on perça, au XVIIe siècle, deux grandes fenêtres dans les murs latéraux du chœur. L'une existe toujours, l'autre a été murée au XIXe siècle, lors de la reconstruction du clocher. Les travaux de 1967 ont aussi dégagé une fenêtre ancienne bouchée par la suite lorsqu'on perça celle qui se voit actuellement au-dessus. Elle est maintenant fermée d'un vitrail multicolore offert par un généreux habitant du village. Toujours dans le mur sud, on a retrouvé un lavabo gothique contemporain de la reconstruction du chœur.
Un entablement de pierre courait le long du mur est, à hauteur d'homme. Il servait à entreposer des statuettes ou des vases de fleurs. Il a été arasé au niveau du mur lorsqu'on a placé des stalles au XIXe siècle. Au-dessus, deux socles de pierre servaient à soutenir des statues (la Vierge, saint Didier, patron de la paroisse ?). La ressemblance du chœur de Rignat avec celui de l'ancienne église Saint-Valérien de Journans est frappante et porte à croire que l'un a servi de modèle aux constructeurs de l'autre jusque dans les moindres détails. Seules les clefs de voûte diffèrent ainsi que les formes des fenêtres gothiques dont le dessin, à Rignat, est plus élaboré.
Les chapelles latérales
Au cours des siècles suivants, l'édifice connut peu de transformations, sinon l'adjonction de chapelles latérales. La première à avoir été construite fut celle de Saint-Sébastien, fondée par les seigneurs de Rignat et peut-être par Claude du Saix en 1424. Elle s'ouvrait sur le côté nord de la nef. Malgré ses revenus, elle fut mal entretenue et tomba peu à peu en ruine. En 1655, elle est mentionnée comme « un autel, dans la nef, abandonné ». En 1746, elle était « dans un état effroyable ». A la fin du XVIIIe siècle, son desservant, Pierre-Louis Dumarché, essaya d'en rétablir les revenus, mais sa tentative venait un peu tard. Saint Sébastien, le patron de cette chapelle, était très en honneur au moyen-âge, lors des épidémies, car on assimilait les flèches qui le transpercèrent à la peste envoyée comme des traits contre les hommes. Son culte fut éclipsé peu à peu au XVe siècle par celui de saint Roch. La chapelle Notre-Dame de Pitié et Saint-Pierre fut fondée par le prêtre Pierre Louvat, qui la fit construire sur le côté sud de la travée de chœur, sans doute peu avant qu'il ne fasse son testament le 17 décembre 1537. Ce document important, qui a disparu sans doute sous la Révolution, se trouve cité dans un inventaire des archives de la cure, dressé en 1762 à la mort du curé Romain Dunod. Ce testament devait prévoir à qui appartiendrait cette chapelle et qui nommerait le prêtre qui la desservirait. Quoi qu'il en soit, elle était la propriété, dès la fin du XVIe siècle, du marquis de Montjouvent, co-seigneur de Bohas. Un petit domaine, comportant près d'un hectare de vigne, lui était affecté et assurait les ressources nécessaires à son entretien et à la rémunération du desservant. Cette chapelle, de plan carré, était voûtée sur croisée d'ogives ; une ouverture biaise (un hagyoscope) qui permettait de voir le maître-autel, subsiste encore en partie dans l'angle sud-ouest du chœur. Cet édifice a été détruit au milieu du XIXe siècle lorsqu'on a reconstruit la nef. La chapelle Notre-Dame du Rosaire n'est pas mentionnée dans la visite épiscopale de 1655, mais seulement dans celle de 1746, qui déclare : « Il y a douze messes par an que M. le Curé acquitte. Elle est annexée à la cure. Elle est en état ». Cette chapelle, située sur le côté sud de la nef, devait donc faire face à la chapelle Saint-Sébastien des seigneurs de Rignat. Les deux chapelles Saint-Sébastien et du Rosaire pouvaient n'être en fait que de simples autels adossés au mur de la nef de part et d'autre de l'arc d'entrée du chœur.
La pietà
La statue de la Vierge de pitié ou pietà, qui se trouve maintenant dans le chœur à droite de la fenêtre gothique, était autrefois placée dans la chapelle Notre-Dame de Pitié et Saint-Pierre fondée par Pierre Louvat. Elle date donc des années voisines de 1537. D'ailleurs, la tradition en fait une oeuvre d'un sculpteur de l'atelier de Brou ce qui, chronologiquement, est vraisemblable. Le culte de la Vierge de pitié était, comme ceux de saint Sébastien et de saint Roch, lié aux épidémies de peste et les oeuvres d'art qu'il a fait naître traduisent, mieux que tout autre témoignage, la crainte de ces hommes devant la mort qui venait, avec une régularité lancinante, faucher les vies humaines sans distinction d'âge ni de rang. Lorsqu'on regarde ces pietàs, on ne peut s'empêcher de voir, sous les traits de la Vierge et du Christ, le visage bouleversé d'une mère tenant sur ses genoux son fils sans vie que la mort — la peste — aurait arraché à sa tendresse. Le visage éploré de la Vierge de Rignat, avec son regard perdu à l'infini, rend d'une manière saisissante cette douleur si intense. Cette pietà fut placée, après la destruction de la chapelle, contre un mur de la nef et, par la suite, à l'extérieur, au fronton de l'église. En 1967, elle fut rentrée et placée sur un socle qu'on scella dans le mur absidial. Il manque une partie du bras droit du Christ et cette mutilation semble ancienne puisqu'en 1781, un visiteur déclara : « La statue de Notre-Dame-de-Pitié, n'étant point décente (= étant en mauvais état), elle sera retirée de ladite chapelle et ne sera plus exposée à la vénération des fidèles ». Heureusement, cette demande n'eut pas de suite !